Seine klinischen und akademischen Positionen waren: Oberarzt und Privatdozent - Professor für Urologie in Mainz (1982-1985); Associate Professor of Urology and Director of the Urinary Stone Center, University of California, San Francisco, USA (1985-1987); Direktor der Klinik für Urologie und Kinderurologie, Wuppertal (1987-1997) und Lehrstuhlinhaber für Urologie an der Universität  Witten/Herdecke (1993-1997). Von 1997-2015 war Joachim Thüroff Direktor der Klinik für Urologie und Kinderurologie an der Universitätsmedizin der Johannes Gutenberg Universität, Mainz.

Joachim Thüroff war 2003-2004 Präsident der Deutschen Gesellschaft für Urologie (DGU), 2009-2011 Präsident der Société Internationale d’Urologie (SIU) und von 2013-2014 Präsident der Society of Pelvic Surgeons (SPS).

Er ist Mitglied zahlreicher nationaler and internationaler medizinischer Gesellschaften einschließlich der Society of Pelvic Surgeons (SPS) und der American Association of Genitourinary Surgeons (AAGUS). Er ist/war im Editorial Board bzw. Mitherausgeber verschiedener wissenschaftlicher („peer-reviewed“) urologischer Zeitschriften wie: Journal of Urology, BJU International, Urology, World Journal of Urology, Neurourology and Urodynamics, Der Urologe und Aktuelle Urologie.

Joachim Thüroff`s klinische und wissenschaftliche Schwerpunkte umfassen: Urologische Onkochirurgie, Kontinente Harnableitung und Rekonstruktive Urologie, Neuroanatomie und Physiologie des unteren Harntraktes, Neurourologie und Urodynamik, Uro-Gynäkologie sowie Kinderurologie.